Hola prueba algo asi:
Código:
SELECT * FROM empresa e JOIN rubro r ON e.rubro_id = r.rubro_id
WHERE r.rubro_esp like '%$rubro%' || r.rubro_eng like '%$rubro%' || r.rubro_keys like '%$rubro%'
AND e.localidad_id = '$zona'
Si incluyes la estructura de la tabla empresa mejor.
Saludos