Si se puede, de la misma manera que "creas" html.
Código PHP:
<?php
if (mail("eMail","Formulario recibido",$cuerpo)) ?>
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
window.location = 'confirmacion.html';
</script><?
else {?>
<script language="JavaScript" type="text/JavaScript">
window.location = 'error.html';
</script><?
}
Tambien puedes usar echo para mostrar el codigo script, a mi me gusta más este modo.