Lo que vas a tener que hacer es crear el directorio en el servidor y subir luego los archivos. Osea que vas a tener que recorre tu directorio para ir subiendo de a una archivo, podes usar un for each para recorrer tu directorio:
dim storefile As directory
Dim directory As String
Dim files As String()
Dim File As String
files = storefile.GetFiles("C:", "*")
For Each File In files
// Subir el archivo
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Si te sirve acá tenes una librería gratis y ejemplo para ftp:
http://www.codeproject.com/KB/IP/FtpClient.aspx