Primero que todo no deberías hacer un select dentro de otro Select... es una mala practica entre desarrolladores porque se puede volver muy lento el proceso y a si mismo el cargar de la pagina, te recomiendo que utilices un Inner Join de SQL, por otra parte si lo que quieres es quitar el limite de tiempo solo pon la siguiente linea de código al inicio de tu pagina:
Código PHP:
set_time_limit (0)
esto hará que tu pagina dure lo que sea para cargar, pero cargara.