Bueno.. entiendo que si..
 
De hecho, todo está en el mismo fichero.. 
reg.php  
 Código PHP:
    
<?
require('../configuracion.php');
session_start();
 
 
// Preguntaremos si se han enviado ya las variables necesarias
if (isset($_POST["username"])) {
    $username = $_POST["username"];
    $password = $_POST["password"];
    $cpassword = $_POST["cpassword"];
    $email = $_POST["email"];
    // Hay campos en blanco
    if($username==NULL|$password==NULL|$cpassword==NULL|$email==NULL) {
        echo "un campo está vacio.";
    }else{
        // ¿Coinciden las contraseñas?
        if($password!=$cpassword) {
            echo "Las contraseñas no coinciden";
        }else{
        // Comprobamos si el nombre de usuario o la cuenta de correo ya existían
            $checkuser = mysql_query("SELECT alias FROM usuarios WHERE alias='$username'");
            $username_exist = mysql_num_rows($checkuser);
            
            $checkemail = mysql_query("SELECT email FROM usuarios WHERE email='$email'");
            $email_exist = mysql_num_rows($checkemail);
            
            if ($email_exist>0|$username_exist>0) {
                echo "EL nombre de usuario o la cuenta de correo estan ya en uso";
            }else{
            //Todo parece correcto procedemos con la inserccion
                $query = "INSERT INTO usuarios (alias, pass, email) VALUES('$username','$password','$email')";
                echo "Almost perfection";
                mysql_query($query) or die(mysql_error());
                echo "Perfection";
            }
        }
    }
}else {
    echo "<p>whats...</p>";
} 
?>
 
 
 
<div class="cssbox">  <div class="cssbox_head">  <h2>Add New Link</h2>  </div>  <div class="cssbox_body">
 
<form name="form1"[B] method="post" action="javascript:llamarasincrono('./php/sesiones/reg.php', 'contenidos');"[/B]>
  <TABLE>
    <TBODY>
      <TR>
        <TD align="right">Nombre de usuario:
          <INPUT maxLength="25" size="15" name="username">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
        <TD align="right">Password:
          <INPUT type="password" maxLength="25" size="15" value="" name="password">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
        <TD align="right">Repite Password:
          <INPUT type="password" maxLength="25" size="15" value="" name="cpassword">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
        <TD align="right">Email:
          <INPUT maxLength="25" size="15" name="email">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
       [B] <TD align="middle"><INPUT name="submit" type="submit" value="Registro">[/B]
        </TD>
      </TR>
    </TBODY>
  </TABLE>
 
</form>
 
</div></div>   
  
Los valores del formulario son los que envio.. no? 
Vale, no tenía ni idea de lo que decías.. jeje 
he añadido otra funcion fajax para pasar el formulario, que es:  
 Código PHP:
     
 function FAjax (url,capa,valores,metodo)
{
          var ajax=creaAjax();
          var capaContenedora = document.getElementById(capa);
 
/*Creamos y ejecutamos la instancia si el metodo elegido es POST*/
            if(metodo.toUpperCase()=='POST'){
                     ajax.open ('POST', url, true);
                     ajax.onreadystatechange = function() {
                     if (ajax.readyState==1) {
                                      capaContenedora.innerHTML="Cargando.......";
                     }
                     else if (ajax.readyState==4){
                               if(ajax.status==200)
                               {
                                    document.getElementById(capa).innerHTML=ajax.responseText;
                               }
                               else if(ajax.status==404)
                                                         {
            
                                        capaContenedora.innerHTML = "La direccion no existe";
                                                         }
                                       else
                                                         {
                                        capaContenedora.innerHTML = "Error: ".ajax.status;
                                                         }
                                                }
                              }
                     ajax.setRequestHeader('Content-Type','application/x-www-form-urlencoded');
                     ajax.send(valores);
                     return;
            }
            /*Creamos y ejecutamos la instancia si el metodo elegido es GET*/
            if (metodo.toUpperCase()=='GET'){
            
                     ajax.open ('GET', url, true);
                     ajax.onreadystatechange = function() {
                     if (ajax.readyState==1) {
                                                  capaContenedora.innerHTML="Cargando.......";
                     }
                     else if (ajax.readyState==4){
                               if(ajax.status==200){
                                                         document.getElementById(capa).innerHTML=ajax.responseText;
                               }
                               else if(ajax.status==404)
                                                         {
            
                                        capaContenedora.innerHTML = "La direccion no existe";
                                                         }
                                                         else
                                                         {
                                        capaContenedora.innerHTML = "Error: ".ajax.status;
                                                         }
                                                }
                              }
                     ajax.setRequestHeader('Content-Type','application/x-www-form-urlencoded');
                     ajax.send(null);
                     return
            }
} 
    
  
y ahora llamo el formulario así  
<form method="post" onsubmit="FAjax('./php/sesiones/reg.php','contenidos','username=
'+document.getElementById('username').value
+'&username='+document.getElementById('username').  value,'post'); return false" action="#">  
  <TABLE>
    <TBODY>
      <TR>
        <TD align="right">Nombre de usuario:
          <INPUT maxLength="25" size="15" name="username">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
        <TD align="right">Password:
          <INPUT type="password" maxLength="25" size="15" value="" name="password">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
        <TD align="right">Repite Password:
          <INPUT type="password" maxLength="25" size="15" value="" name="cpassword">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
        <TD align="right">Email:
          <INPUT maxLength="25" size="15" name="email">
        </TD>
      </TR>
      <TR>
        <TD align="middle"><INPUT name="submit" type="submit" value="Registro">
        </TD>
      </TR>
    </TBODY>
  </TABLE> 
</form> 
El problema ahora es que al enviar el formulario, me carga, en 'contenidos' una página vacia.. :S 
-EDIT- 
ah, me he fijado que me refresca toda la página.... ¿?¿?¿?