Pues puedes usar los modos de escritura de
http://www.php.net/function.fopen, si te fijas hay una lista de modos de como quieres abrir el archivo una de ellas es ubicando el apuntador al final para poder escribir, y no hay problema con con los "choques " que dices, pero seria recomendable hacerlo en una db ya que es mas optimo
salu2