Pues dos cosas fundamentales:
1.- no puedes cambiar cosas porque sí sin probarlas inmediatamente y luego preguntarte por qué no funciona; si algo está de una manera suele ser por algo.
2.- la solución es bastante sencilla, comparando el original que sí funciona con el modificado que no funciona.
¿Ves las diferencias por ejemplo en este trozo entre el original:
Cita: <li class="
nivel1 primera" tabindex="1"><span class="nivel1">Opción 1</span>
<!--[if IE]><a href="#" class="nivel1ie">Opción 1<table class="falsa"><tr><td><![endif]-->
<ul>
<li class="primera"><a href="http://www.google.es">Opción 1.1</a></li>
<li><a href="#">Opción 1.2</a></li>
</ul>
<!--[if IE]></td></tr></table></a><![endif]-->
</li>
y el modificado?:
Cita: <li class="primera" tabindex="1"><span class="nivel1">
<a href="index.html">1.HOME
</a></span></li>
<!--[if IE]><a href="index.html" class="nivel1ie">1.HOME<table class="falsa"><tr><td><![endif]-->
<li class="primera" tabindex="2"><span class="nivel1"><a href="#">2.EMPRESA</a></span>
<!--[if IE]><a href="#" class="nivel1ie">2.EMPRESA<table class="falsa"><tr><td><![endif]-->
<ul>
<li class="primera"><a href="empresa.html">2.1 Presentación</a></li>
<li><a href="politica.html">2.2 Politica de empresa</a></li>
<li><a href="salud.html">2.3 Salud y seguridad</a></li>
</ul>
<!--[if IE]></td></tr></table></a><![endif]-->
</li>
Eliminas una de las clases del LI y añades un enlace (A) que no está en el original, por ejemplo.