Alguien sabe sobre prototypes js?

[tap]

Hola a todos, en realidad no sé si es aquí adónde debo plantear mis dudas, cualquier cosa, por favor, oriéntenme.
Estoy incursionando en prototypes (scriptaculous) sobre un sitio hecho en CSS exclusivamente. Como ese sitio ya lo tengo en flash, estoy pasándolo (podríamos decir) a CSS y quería usar prototypes para algunos efectos simpáticos.
Comienzo con lo más sencillo, abrir ventanas (con blind, slide, etc) y esto sale muy bien, se ve en windows, mac y linux (EI6 /8, Safari y firefox) el caso es que tengo dos divs apiladas una sobre otra, lo único que quiero es que al pulsar un botón, la de arriba tape a la de abajo (que dicho sea de paso es un swf)
En realidad lo hace, pero también me baja la div que contiene el swf y no debiera ocurrir esto.
Por favor si alguien es experimentado en esto, que me responda y yo se lo explico mejor, incluso podría subirlo a un servidor para que vea loq ue ocurre.
Muchas gracias.