Lo que pasa es que tu estas guardando todo el contenido del archivo en un solo string, y cuando le haces el stringtokenizer te cuenta todos los caracteres del archivo
la solucion
para empezar, usar split que es mejor,
luego hacerle un split a la variable datos con "\n" para que te de una vector con todas las lineas:
Código PHP:
String [] temp = null;
temp = datos.split("\n+");
luego a cada linea o sea a cada elemento del vector le haces un split con "\\s+" para que ahora si te separe cada linea por espacios y asi ya la puedas meter dentro de la bd
Código PHP:
String [] temp2 = null;
temp2 = temp[i].split("\\s+");