Yo ejecuto esto:
crear.php 
 Código PHP:
   
<html>
<head></head>
<body>
 
<?
echo "Grupo creado correctamente <br>";
$texto = "texto en el archivo";
$dirnuevo = "nuevo";
mkdir($dirnuevo,0777);
chmod('./nuevo', 0777);//porq con la anterior linea no
                       //me configura los permisos a "777"
$fp=fopen('archivo.txt','a+');
chmod('archivo.txt', 0777);
$leo=fread($fp, filesize($dirnuevo));
fseek($fp, 0);
fwrite($fp, "${texto}${leo}");
fclose($fp);
 
error_reporting(E_ALL);
ini_set('display_errors', true); 
 
if(file_exists('archivo.txt')) { 
        echo "EXISTE <br>";
        $file = 'archivo.txt';
        $newfile = 'nuevo/copia.txt';
 
        if (!copy($file,$newfile)) {
             echo "Error al copiar $file...\n";
        }
}
else {echo "no existe <br>";}
?>
 
<br>
<a href='nuevo.php'>VOLVER!!</a>
 
</body>
</html>   
  Y me tira: 
 Cita:  Grupo creado correctamente
EXISTE
 
Warning: copy() [function.copy]: SAFE MODE Restriction in effect. The script whose uid is 213347 is not allowed to access /home/vhosts/mipagina.com/nuevo owned by uid 48 in /home/vhosts/mipagina.com/crear.php on line 27
 
Warning: copy(nuevo/copia.txt) [function.copy]: failed to open stream: No such file or directory in /home/vhosts/mipagina.com/crear.php on line 27
Error al copiar archivo.txt... 
    me crea el archivo y la carpeta pero no puedo meter la copia dentro de la carpeta, los permisos de ambos en "777"