Condicional de CSS no funciona con IIS

[pipeio]

Hola a todos/as

Os quería preguntar sobre un problema que me ha surgido.

Tengo una web que estaba desarrollando en puro X H T M L+CSS. Después me pase al P.H.P simplemente para utilizar la función "include" de P.H.P. Así que instalé P.H.P y el IIS. Hasta aqui todo bien, los "include" funcionan.

Al comienzo de cada página tengo un selector del tipo [if IE] para que me cargue una hoja de estilos adicional si cargamos la página con cualquier IE.
Mi sorpresa cuando vi que al cargar la misma página en IIS con IE6 no hace caso al selector y no coge la CSS para IE. En cambio si cargo la página original en el IE6 (sin cargarla a través de IIS) sí que funciona el selector condicional y lee la hoja de estilos correspondiente.

¿A alguien le ha pasado alguna vez esto?
Cualquier idea será bienvenida.

Muchas gracias a todos/as.