aunque ahy varias formas,podrias poner en el formulario un campo oculto que te envie el numero total de alumnos que hay en ese curso por ej...
luego en el script que inserta y como conoces claramente el nombre de las varialbes puedes hacer un ciclo for hasta el numero toal de alumno (segun el campo oculto que enviaste)
luego dentro del ciclo armas el nombre de cada variable
por ej
for($a=1;$a<=$num_alum;$a++)
{
$aux_id="alumnoID_".$a;
valor_id_alum=$_POST[$aux_id];
// y asi sucesivamente para todas las variables
//luego que tienes todas las variables armas la consulta y la ejecutas asi ejecutas una consulta en cada ciclo
}
a es necesario para que esto funcione que los campos del formulario donde ingresas las notas tengan el mismo nombre, seguido de un numero correlativo EJ.:
nota_1
nota_2
nota_3
....
etc;
ve mostrando por pantalla la consulta que vas generando entes de ejecutarla, para ir probando...
Suerte...