Para quien le pueda servir:
Código PHP:
echo '<pre>';
$variable = "pruebaprj.exe ".$_GET['param'];
$ultima_linea = system($variable, $retval);
// Imprimir informacion adicional
echo '
</pre>
<hr />Ultima linea de la salida: ' . $ultima_linea . '
<hr />Valor de retorno: ' . $retval;
Este codigo funciona perfectamente despues uso en delphi paramCount para recoger las variables y ExitCode para darlas en salida.
Un saludo y gracias.