En primer lugar hacer un sitio Full Flash y pretender que Google lo entienda es un error !!!
Pretender que lo indexe bien, es otro error.
Y pretender buen posicionamiento es una locura (si comparas contra la competencia html css)
Flash no es un formato estándar, y Google lo indexa pero no lo entiende como para darle importancia y posicionar el contenido que escondiste en tu Flash.
Igualmente hay técnicas para posicionar tu HTML, el flash no, eso no se puede, pero si el HTML contenedor.
Por ejemplo debes hacer bien el html según los estándares de accesibilidad, ya que estos marcan como tratar el contenido no compatible y como hacer su versión alternativa.
Aplicando eso, vas a mejorar un poco el posicionamiento de tu HTML, no del Flash, si no del HTML contenedor de tu Flash.
Seguramente, y sin mirarlo, el problema es que tienes mal tu HTML :)
Adicionalmente, hiciste un sitemap ?, diste de alta en Google webmaster Tools ?
Lee un post que hablamos hace un tiempo y el artículo
Pescando SEO en Flash (en ese artículo hay un link al post)