Muchisimas gracias por las respuestas, estube probando con el Onload y no funciono.
Los Scripts han de estar en el <head> (estandares de empresa).
La cuestion esque ya no hace falta, mi jefe me ha dicho que no pongamos el menu dinamico, que lo emulemos con cargas de pagina(si, es una chapucilla) pero tras un par de pruebas y de cambios, al quitarle los Scripts paso el nivel A del W3C perfectamente.
Aun asi muchisimas gracias por todas las respuestas.
