Código PHP:
<?php
//...
echo '<ul class="imagelist">';
while($row=mysql_fetch_array($rs)){
echo '<li class="first index">';
echo "<h2>" .$row['alpha'] ."</h2>";
echo '<div class="glossary-term">';
echo '<a href="javascript:paginas(\'paginas/diccionario.php?term='.$row[term].'\',\'contenidor\')">'.$row['term'].'</a>';
echo'</div>';
echo '</li>';
}
echo '</ul>';
?>
Prueba asi, el error que tienes es que pusiste algunas comillas simples ' sin la contrabarra \, es decir, la funcion echo termina en esa comilla, si quieres que no termine y tienes que escribir la comilla, pon adelante la contrabarra para que quede asi: \' Eso es para escapar la comilla. Espero que te sirva, saludos