Mmmm... creo que con .htaccess se puede, pero no sabría decirte como D=
Lo que se me ocurre, es que en la configuración, no recuerdo si en el php.ini o en el httpd.conf, pongas por defecto que al ingresar a un directorio, se busque siempre un index.php. Al configurar eso, el usuario que intente ingresar directamente a un directorio, será redireccionado al index, evitando que pueda ver el contenido.
No sé si esto te servirá :
Proteger carpetas con .htaccess y .htpasswd
Nos vemos.