lo unico que se puede hacer es que atrapes si esta checada o no con un request.getParameter()
luego ya en el codigo, dependiendo el valor del request, activas o desactivas el check
Código PHP:
if(request.get...()!=null)
{
<input type.... checked>
}else
<input type....>
}
eso asi con JSP puro, si usas un framework o AJAX habria que analizar la situacion