Vocales acentuadas

[jurena]

Yo estoy de acuerdo con huesos52 totalmente. Empiezo por aquí, y te recomendaría escribir en un formato al que afecte algunas de los cotejamientos de MySQL. Piensa que no sólo tendrás problemas, como dices, para ordenar, sino también para comparar. Es decir, cuando quieras buscar Águila, tendrás que buscar A´guila, y tendrás que utilizar alguna función de programación para convertir, como el html_entity_decode() de PHP. Es mejor la otra solución, una codificación como la que te propone huesos52 que tiene varios cotejamientos, lo que le permite ordenar y hacer comparaciones. Y además, será fácil convertir de esa codificación a html usando funciones como htm_entities() de PHP, si es que quisieras recurrir a ello.
No obstante eso, si te empeñas en seguir por esa vía, podremos solucionarlo haciendo un ORDER BY con reemplazos anidados de &acute, etc. por nada, y n&tilde por 'ñ', etc. Ordenará bien, pero será una chapuza. Además no sé cuántos signos estás utilizando, si escribes diéresis, acentos graves, circunflejos, o sólo son acentos agudos del español, la eñe y poco más.