Por lo que dices, parece que la funcion number_format no esta devolviendo el valor esperado, entonces tendrias que especificar todos los parametros:
number_format($numero, $decimales, $separa_dec, $separa_mil)
$numero es la variable tipo float para convertir
$decimales es el total de digitos decimales que deseas
$separa_dec es el caracter para separar los enteros de los decimales, en Mexico seria punto '.'
$separa_mil es el caracter para separar cada 3 cifras, en Mexico seria coma ','