Para la variable enviada por el usuario puedes crear un checkbox que al pulsar tenga un valor booleano. Para la segunda puedes crear una variable afuera de las condiciones y luego en las condiciones solo llamar la linea de
Código PHP:
$sql="SELECT * FROM catalogo WHERE estado='A' AND stock>0 ORDER BY producto asc";
if($boolean){
$qry=mysql_query($sql);
}else{
//codigo de paginacion
$qry=mysql_query($sql);
}