Has olvidado la regla básica de cambiar por una versión superior: Hay que leer el manual primero.
Aquí vas a encontrar la mayor parte de los detalles:
2.10.1. Aumentar la versión de 4.1 a 5.0
El tema pasa no solamente porque se incorporaron los
STORED PROCEDURES, STORED FUNCTIONS y
TRIGGERS, sino que se resolvieron infinidad de
bugs de que la versión 4.0 adolecía,
incluyendo muchos que afectaban los formatos de fecha.
En ese tema, tendrás que leer:
Apéndice C. Historial de cambios de MySQL
Sería mejor que leas los links y luego veamos los problemas que tienes y sus soluciones, habida cuenta que es mucho lo que cambió entre ambas versiones.