Cita: La actualización de mysql4 a mysql5 en cuanto a consultas SQL son iguales. Es posible que la versión 5 tenga mas beneficios, pero en cuanto a sql no creo que haya cosas que no funcionen en la versión 5 y si en la 4..
En realidad si existen ciertos "errores", aunque no a nivel de sintaxis base, esta sigue respondiendo, pero puede ocurrir que consultas que antes funcionaban bien ahora ya no devuelvan datos.
Esto se debe a cambios entre las versiones que modificaron el comportamiento de funciones de fecha y de campos de fecha. Originalmente el MySQL 4, al comparar entre un DATE y un DATETIME "cortaba" el DATETIME a DATE. A partir de la versión 5.0 lo hace al revés, con los cambios de lógica que pueden darse si se están o no manipulando horas...
Al margen de eso, se cambiaron tipos de tablas, columnas soporte de motores de tablas y muchas cosas, algunas de las cuales requieren conversiones de formato previas a la instalación del MySQL 5.0, o de lo contrario no funcionarían.
Uno de esos casos es el de las tablas ISAM, que fueron cambiadas por las MyISAM.