hola andres!!! para generar los checkbox dinmicamente puedes usar el siguiente codigo:( nomas elimina <ul> y las <li>)
<div id="opciones">
<div id="menu1">
<ul>
<li><a href="#">ESTADOS >>></a>
<ul>
<? $registros=mysql_query('select estado from estados',$conexion) or
die('Problemas en el select:'.mysql_error());
while ($reg=mysql_fetch_array($registros))
{
?>
<li><a href="#"> <? echo ($reg["estado"]); ?> </a>
<ul>
<li><a href="#">Municipios </A>
<ul>
<? $registros2=mysql_query('select id_municipio, des_municipio from municipios where estado="'.$reg["estado"].'"',$conexion) or die('Problemas en el select:'.mysql_error());
while ($reg2=mysql_fetch_array($registros2))
{
?>
<li><input type="checkbox" name="municipios[]" value="<? echo($reg2["id_municipio"]);?>"><? echo($reg2["des_municipio"]);?> </li>
<? } ?>
</ul>
</li>
</ul>
</li>
<?
}
?>
</ul>
</li>
</ul>
</div> <!--div menu1 -->
</div>
y para guardar en las base con php los checkbox que esten en estado on usa el siguiente codigo!!
foreach ($_POST['municipios'] as $id){
mysql_query("insert into muni_ficha (id_municipio,id_fich) values ('$id','$_REQUEST[id_fich]')",$conexion) or die("Problemas en el select".mysql_error());
}
a si de facil !!!!!!! checalo y me comentas si te funciono!!!!!!!!!!