Ni sé las veces que habré dicho lo mismo: ¿cuándo te diste cuenta? ¿cuando las modificaciones estaban ya terminadas? un cambio, una comprobación, es la única manera de asegurarte que no modificas algo importante.
 
A simple vista, en el original los LI tienen un ancho, mientras que tú lo has eliminado.
ORIGINAL 
 Cita:  #menu ul li.nivel1 { float: left;
 width: 162px;
margin-right: 2px;
}
    TUYO 
 Cita:  #menu ul li.nivel1 { float: left;
 /*width: 162px;*/
margin-right: 5px;
}
    No sé si será exactamente eso, pero es fácil de probar.
Si no lo es, antes de nada compara todos los selectores a ver dónde hay cambios como ese.