si, mira... yo estoy usando PHPDoc para documentar igualmente....
es muy simple, solo usas la consola para especificar que quieres documentar....
pero claro, necesitas documentar primero tu codigo fuente.... te sugiero mires detenidamente la pagina oficial de PHPDocumentor, ya que ahi estan todos los detalles que necesitas...
revisa el manual y tutorial, suerte!
http://www.phpdoc.org/