Del link que te paso elquique de "Pescando SEO con Flash " puedes sacar varias alternativas.
Yo te recomiendo usar swfobjects (Es lo que yo hago). La idea de esta libreria es muy simple. Usas un <div></div> con el contenido en HTML que se verá si no tenes flash ni javascript. Si tenes javascript y flash, el contenido HTML sera reemplazado por la pelicula.
Es decir, Google leerá el contenido HTML pero los visitantes verán la pelicula Flash.
Esto suena a "cloacking" pero es una técnica aceptada, ya que asi funciona lal libreria swfobject.