Como dice el manual haci mandas llamar los archivos js, por que va a la carpeta de
webroot -> js
y ahi encontrara la libreria de prototype, al igual que los css en css.
Respecto a como funciona Yo busque lo mismo, como es que cake manda llamar las vistas
pero me encotre que era "algo interno de cake" , y entonces me dije
pues dejemosle el trabajo a cake...
Te dejo un manual en español basico pero te ayudara
http://www.scribd.com/document_downl...cret_password=
de igual forma no soy un experto en cakephp pero si te puedo ayudar
aqui estamos
saludos