Anatema!
En un foro de css venir con esas blasfemias
¡A la hoguera! 
toda tu página dentro de #contenedor memos un div que va a quedar fuera y que puedes llamar #solo_para_ie6
código general.css
Código css:
Ver original#solo_para_ie6 {display: none;}
#contenedor {/*las propiedades que quieras y necesites*/}
/*resto del css*/
archivo ie6.css:
Código css:
Ver original#contenedor{display: none;}
#solo_para_ie6 {
width: 80%; /*esto es 80 por ciento*/
margin:0 auto;
background: #red;
font-size: 6em;
color: #9c0;}
y en el html
Código html:
Ver original...
<link rel="stylesheet" href="general.css" type="text/css" media="screen" /> <!--[if lte IE 6]>
<link href="ie6.css" rel="stylesheet" type="text/css" />
<![endif]-->
¡Ah! ¡Se siente!
.....
Pero sería una p***da para más de uno que no tiene la culpa