Bueno, en el caso que perdieras tu pendrive, en un descuido alguien lo tomara y quisiera ver su contenido, y en el peor de los casos te lo robaran, para evitar o hacer más difícil que accedan a esa información lo que podrías hacer es encriptarla.
Entre los varios programas de este tipo hay uno llamado Cryptainer LE, es la versión gratuita de uno de pago, y actualmente dice funcionar con unidades removibles. Hace un tiempo yo tuve instalada una versión, creo que la 4 ó 5, en mi computador y básicamente lo que hacía era tomar los archivos y dejarlos invisibles para quien no tuviera la contraseña. También permitía enviar archivos encriptados por correo.
Aquí tienes más información:
http://www.abcdatos.com/programas/programa/z2244.html
He estado intentando ingresar a la página del autor porque hay una versión en castellano (
http://www.cypherix.co.uk/esp/cryptainerle/index.htm), desgraciadamente no he podido. Si quieres probarlo y tampoco puedes entrar, desde Tucows puedes bajarlo en inglés, van en la versión 7.1.0.0.