No se si te he entendido bien.
 
Quieres eliminar los registros que muestran esta consulta de la tabla pagos? 
Si es así, prueba esto:    
Código sql:
Ver original- DELETE FROM pagos WHERE  
- documento IN(SELECT p.documento FROM  
- (SELECT     codigo,documento, SUM(importe_pago) AS importe_pago, 
-  fecha FROM   pagos GROUP BY codigo,documento,fecha) AS p   
- WHERE p.documento IN (SELECT documento FROM pagos ) 
- AND p.importe_pago = 0 AND p.codigo = 'IV00202266'  
- AND p.fecha BETWEEN '2009-02-01' AND '2009-02-31');