Eso me pasaba antes, vb6.0 solo acepta iconos de 256 colores(8 bits) seguro estas utilizando otra de 24 o 32 no recuerdo, cambialo con el icofx que es el mejor para crear y editar iconos, cheka esta imagen de icofx
los iconos de 256 colores son pobres en calidad y generalmente si cambias uno de mayor resolucion quedan mal