Creo que he encontrado la solución buscando en otros sitios en USA.
En el raíz, lo que hay que hacer es crear una subcarpeta llamada como el dominio
o si son usuarios locales pues llamarla localuser.
Ejemplo:
c:\inetpub\ftproot
localuser
Y de ella que cuelguen otras dos carpetas:
juan
pepe
Y si es del dominio
dominio.com
juan
pepe
Espero que al próximo que de con este hilo le valga la respuesta y no se harte a buscar
Todo esto habiendo creado el sitio FTP como aislado (isolated) durante la configuración del sitio FTP en el IIS.
Saludos y hasta la proxima