O, podrías decirles a tus usuarios que creen un archivo .zip con todos los archivos que desean subir, lo subes y con PHP extraes los archivos.
Aunque, crear un gestor de FTP suena mejor.
Al menos con PHP, no vas a poder tener acceso. Tal vez con Java (los usuarios tendrían que darle permisos al MIDlet para que acceda a sus archivos) o alguna otra tecnología.