Para trabajar con fecha/hora debes usar alguno de los tipos de campo que se usan, concretamente podrías usar DATETIME, y además el dato debe ser almacenado con la forma
año/mes/dia hora:minuto:segundo
es decir, tus datos serían
2009/06/05 13:00:00
y
2009/06/20 19:00:00
También podrías usar un campo tipo timestamp. Sobre sus diferencias, y la posibilidad de uso para inicializar o actualizar por defecto de timestamp, mira este sencillo cuadro.
Yo, salvo que sea para eso, actualizar o inicializar por defecto, te recomendaría datetime, aunque ocupe más espacio.
http://jmmolina.free.fr/t_49552/MySQL%20Date%20and%20Time%20Types.pdf
Naturalmente, lo recomendado es mirar el manual de referencia antes de tomar estas decisiones.
Además, fíjate en la versión de MySQL que manejas, porque según la que utilices podrás usar unas funciones u otras.
Un ejemplo de función para hacer lo que quieres y que sirve a partir de MySQL 5.0 es
TIMESTAMPDIFF()
Prueba esto:
SELECT TIMESTAMPDIFF(HOUR,'2009/06/05 13:00:00', '2009/06/20 19:00:00') horas_diferencia