¿Separar sentencias MySql de php?

[IMAC/]

Buenas

Estoy creando una "aplicación web" cuyo código va a ser revisado posteriormente y alguien me comentó un día que intentara separar el PHP del resto de sentencias SQL que tienen lugar en su código. (he de decir que esa persona no tenía experiencia en PHP)

Me pareció un poco extraño, pero me gustaría saber si conocéis el modo de operar a nivel profesional en este tipo de aplicaciones con php.
¿se suelen separar estos elementos?
¿cómo es el modo de trabajar en php?

Saludos y gracias.