Buenas tardes a todos!!
 
He tratado de probar lo que dicen y es realmente lo que andaba buscando. Pero en vez del funcyupload, utilizo este: 
http://digitarald.de/project/fancyup...se/photoqueue/, ya que se ajusta mejor a lo que preciso (una galeria de imagenes). 
Ahora, el javascript funciona perfectamente, puedo buscar los x archivos que quiero subir en mi ordenador y se encolan en la lista. Ahora, cuando le doy a "upload files", no me lo sube, de hecho, la barra de progreso no arranca nunca, se queda siempre en 0%.  
Espero que puedan ayudarme con esto, pues no se bien como funciona y quizas ustedes tengan alguna idea. Lo que hice yo fue modificar el codigo php que dan de ejemplo, segun mis necesidades, y modificar el action del formulario en el codigo XHTML... 
El codigo PHP que utilizo es el siguiente:  
 Código PHP:
    <?php require_once('../conexion.php'); ?>
 
<?
 
    $chivo=$_FILES['Filedata']['name']; 
              
    $id = md5(uniqid(rand(), true)); 
 
    $ext= substr(strrchr($chivo, "."),1); 
 
    $nvo= $id. ".". $ext; 
 
    $ruta= "../admin/teoricos/archivos/". $nvo;  
 
    move_uploaded_file($_FILES['Filedata']['tmp_name'], $ruta);
 
 
    $nombre= $_POST['nombre'];
 
    $insert01 = "INSERT INTO teoricos ( Nombre, Archivo ) VALUES ('$nombre', '$nvo')";
    $Result1 = mysql_query($insert01, $final) or die(mysql_error());
 
    
    
    if (isset($_REQUEST['response']) && $_REQUEST['response'] == 'xml') {
    // header('Content-type: text/xml');
 
    // Really dirty, use DOM and CDATA section!
    echo '<response>';
    foreach ($return as $key => $value) {
        echo "<$key><![CDATA[$value]]></$key>";
    }
    echo '</response>';
} else {
    // header('Content-type: application/json');
 
    echo json_encode($return);
}
?>    
  Desde ya, esero que puedan ayudarme con esto, muchas gracias!! 
Pablo.