Hola,
No se como enlazarlo con tu lector de códigos de barras, pero el contador de tiempo podrías hacerlo así:
Código PHP:
<html>
<head>
<script type="text/javascript">
function timer()
{
var t=setTimeout("alert('1 segundo')",1000);
}
</script>
</head>
<body>
<form>
<input type="button" value="Start" onClick = "timer()">
</form>
</body>
</html>
Si no es esto lo que buscas vuelve a postear y lo volvemos a mirar.
Saludos.