Según Matt Cutts, Google se las arregla para indexar correctamente ambos tipos de maquetación.
El tema está en que maquetar en divs muchas veces va acompañado de mejor código en cuanto a la semántica (por lo tanto, mejor posicionamiento), y ofrece una mejor experiencia al usuario gracias a sitios más accesibles y rápidos. Y como siempre, lo que es mejor para el usuario es mejor para el posicionamiento, pues lo incentiva a utilizar tu sitio y a linkearlo.
Por lo tanto, convertir tu código de tablas a CSS puede que no sea una salvación inmediata de tu posicionamiento, pero si lo haces pensando en el usuario, a la larga te dará grandes satisfacciones.