Saludos!!
Como dice
Hades, conviene... Depende! Porque si solo tienes esa pagina como principal, lo mas recomendable es que tengas tu index en la carpeta raiz. Mas que por estética, es cuestion de Posicionamiento SEO... Si no vas a tener nada dentro de la raiz, te costará bastante tener una buena cantidad de visitantes por buscadores.
Suerte, y Hasta Luego!!
