Mira si has puesto esta linea:
echo "<input type='hidden' name='token' value='$newToken'>";
dentro del formulario, o sea tienes que pasar esa variable hidden junta a todas las otras variables del formulario, por ejemplo
Código PHP:
echo "<form method=\"post\" action=\"login-action.php\">";
echo "<input type='hidden' name='token' value='$newToken' />";
echo "<input type=\"text\" name=\"username\" />";
echo "<input type=\"password\" name=\"password\" />";
echo "</form>";
Otra cosa podria ser la sesion, mira si la tienes inizializada en cada archivo, o sea al principio de cada file tienes que haber
session_start();
Hazme saber... ciao!