McBlink,
Parece que cuando borras un registro, el espacio es ocupado con el siguiente que insertas. De ahí que aparezca el cuatro en el lugar del dos (que fue el borrado), y en el lugar del uno, si este es el borrado. Así pues, el orden es la posición en que está almacenado.
Leí algo al respecto aquí:
http://www.gamedev.net/community/for...opic_id=411332
Imagino que para que eso haya ocurrido, pero deberías decirnos cuál es tu consulta, porque quizás no sea lo mismo SELECT * FROM user que SELECT id, cid,uid FROM user. No lo sé. De todas formas, yo probaría la consulta también por consola y no sólo en PHPMyAdmin, para ver si hay algún cambio.