Pues puedes intentar hacer una reparacion del S.O. No perderás datos, ni progrmas. Lo unico que hace es borrar la carpeta C:\Windows y poner otra
Aqui hay un tutorial para hacerlo
http://www.configurarequipos.com/doc967.html
Despues de la reparacion podemos borrar los restos de virus que queden
Es importante que tengas el CD de drivers de tu Motherboard, es posible que te lo pida mientras repara Windows