Te recomiendo que utilices MySQL Administrator lo podes bajar gratis de la pagina de mysql Sun
MySql tools.
Alli te aparece la opción de migrar datos, si eso es lo que queres, lo podes hacer entre equipos de tu red interna. Lo bonito de esta herramienta es que podes migrar tablas de access, sql server y obvio mysql.
O bien si queres hacer un backup de tu BD para depositarlo en otro lugar con el Backup, solo le das ejecutar nuevo proyecto y alli seleccionas tu BD con las tablas que deseas que se respalden.
Cualquier duda hacemela saber que estamos a las ordenes!!