Si lo que quieres es solamente añadir a una variable los id, te sugiero que en vez de usar array uses concatenacion.
Ejemplo
Código PHP:
estos="";
for (u=0;u<nombres.length;u++)
{
if (nombres[u].checked==true)
{
arrClaves[j]=nombres[u].value;
estos=estos+"&id[]="+arrClaves[j];
j++;
}
}