Lo mismo le añades el año en cada condicion
Código PHP:
<?php
$meses = array("",1,2,3,4,5,6,7,8,9,10,11,12);
$fecha = date("m");
$n=(int)$fecha;
$y=date("Y");
for($i=0; $i<count($meses); $i++){
if($n<count($meses)){
echo $meses[$n++]. " " . $y . "<br />";
}else{
$n=1;
$y++;
}
}
?>