Para evitar perderte en el codigo debes indentar y comentar correctamente tus archivos, ademas de usar un editor apropiado que coloree el codigo.
Links de interes:
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Sintaxis sugerida para codificar: CodeIgniter, similar a ZendFramework, elige el que mejor te acomode, pero codifica todos tus archivos igual.
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Notepad++: Editor de texto con coloreado de codigo.
P.D. Codear = codificar? Creo que se escucha, se lee y se entiende mejor en español que "españolizando" los verbos ingleses.