Bueno puedes usar un explode para la fecha y luego hacer un cambio con str_ireplace
Código PHP:
$fecha = "01-Feb-09";
$fechaExplode = explode("-", $fecha);
$fechaSearch = array('ENE','FEB','MAR',...);
$fechaReplaces = array('01','02','03',...);
$fechaCambiada = str_ireplace($fechaSearch,$fechaReplaces,$fechaExplode[1]);
echo $fechaCambiada . "-" . $fechaExplode[0] . "-" . $fechaExplode[2];