Con los archivos tipo flv se utiliza el reproductor ese que me dices, el caso es que no puse le código porque era algo más largo que ese que puse. Lo que yo quiero es poder elegir si mostrar los subtítulos desde el código php y no desde las opciones que de el reproductor en si, desde su interfaz, espero que se me entienda.
Muestro el código que tengo para los archivos flv:
else if ($resourcetype == "flv") {
$id = 'filter_flv_'.time(); //we need something unique because it might be stored in text cache
$cleanurl = addslashes_js($fullurl);
// If we have Javascript, use UFO to embed the FLV player, otherwise depend on plugins
echo '<div class="resourcecontent resourceflv">';
echo '<span class="mediaplugin mediaplugin_flv" id="'.$id.'"></span>'.
'<script type="text/javascript">'."\n".
'//<![CDATA['."\n".
'var FO = { movie:"'.$CFG->wwwroot.'/filter/mediaplugin/flvplayer.swf?file='.$cleanurl.'",'."\n".
'width:"600", height:"400", majorversion:"6", build:"40", allowscriptaccess:"never", allowfullscreen:"true", quality: "high" };'."\n".
'UFO.create(FO, "'.$id.'");'."\n".
'//]]>'."\n".
'</script>'."\n";
echo '<noscript>';
echo "<object type=\"video/x-flv\" data=\"$fullurl\" width=\"600\" height=\"400\">";
echo "<param name=\"src\" value=\"$fullurl\" />";
echo '<param name="quality" value="high" />';
echo '<param name="autoplay" value="true" />';
echo '<param name="autostart" value="true" />';
echo '</object>';
echo '<p><a href="' . $fullurl . '">' . $fullurl . '</a></p>';
echo '</noscript>';
echo '</div>';