PHP procesar sin que el cliente se de cuenta

[mafima]

Buenas. hoy quiero pregundar si con PHP ( y windows ) puedo hacer lo siguiente:

1. Un control de acceso de usuarios.
El usuario llega pone su dedo en un lector de huella.
el lector la captura y compara con la base de datos.
agrega la informacion de hora de ingres a una base de datos MYSQL

tengo entendido que algunos de estos programas envian un codigo alfanumerico de la huella. ( eso quiere decir que no necesitamos comparar huellas como imagen)

Luego mi gran duda:
Hay alguna manera de hacer que PHP capture ese codigo y lo meta en la base de datos sin necesidad de tener una pagina WEB abierta para enviar el fomulario?

Seria como ejecutar un proceso oculto en el sistema. Si no se puede con PHP como sería la mejor forma de hacerlo: FLASH, APPLET DE JAVA, JAVA?

Gracias!